Avtalen innebærer blant annet å avskaffe tollen på 95 prosent av varene som utveksles mellom Israel og De forente arabiske emirater (UEA).
Israel beskriver avtalen som historisk.
– De gode relasjonene som er knyttet mellom våre to land styrkes i dag av denne frihandelsavtalen, som vil forbedre det økonomiske samarbeidet betydelig til fordel for innbyggerne i begge land, sa Israels statsminister Naftali Bennett fredag.
Avtalen er en del av normaliseringsavtalen fra 2020, som har til hensikt å knytte sterkere bånd mellom Israel og Emiratene. Avtalen var en flere som oppsto gjennom mekling med amerikanere, og er bedre kjent som Abraham-avtalene.
Samtalene om frihandelsavtalen startet i november i fjor og ble avsluttet fredag etter fire forhandlingsrunder.