Departementet mener loven er grunnlovsstridig og slutter seg til et pågående søksmål som er fremmet av familier og leger.
Om forsøket ikke vinner fram, trer den nye loven i kraft 8. mai.
Departementet har tidligere advart alle delstater om at det kan bryte med grunnlovsfestede rettigheter å hindre unge transpersoner og ikke-binære fra å få kjønnsbekreftende behandling.
Etter loven som er vedtatt i Alabama, vil leger og andre kunne bli dømt til ti år i fengsel om de gir transpersoner som er yngre enn 19 år, hormonbehandling som blokkerer puberteten eller bekrefter kjønnsidentiteten.
Transpersoner og foreldre sier at delstaten forsøker å forby det de ser som nødvendig og i enkelte tilfeller livreddende hjelp.
– Loven diskriminerer mot mindreårige transpersoner ved på urettmessig vis å nekte dem tilgang til visse typer medisinsk nødvendig behandling, heter det i anmodningen fra justisdepartementet.
Republikanerne som støtter loven i Alabama, hevder at den trengs for å beskytte barn. Flere delstater med republikansk politisk ledelse har vedtatt lover som sikter seg inn mot unge transpersoner og LHBT-saker.
Alabamas lov går lengst og er den første til å kriminalisere behandlingene. Texas-guvernør Greg Abboott har beordret delstatens barnevernsmyndigheter til å etterforske meldinger om kjønnsbekreftende behandling av mindreårige som mishandling.
Arkansas har også forbudt kjønnsbekreftende medikamenter, men den loven har blitt blokkert.