Badie, som er Brorskapets åndelige leder, ble pågrepet i en leilighet i Nasr City i det nordøstlige Kairo natt til tirsdag, ifølge det statlige nyhetsbyrået.
Ifølge byrået ble Badies skjulested funnet etter at de militære fikk et tips om hvor han oppholdt seg.
Facebook-siden til innenriksdepartementet viser et bilde av Badie der han sitter mellom to menn i baksetet på en bil etter pågripelsen.
Etter at de militære avsatte president Mohamed Mursi i juli, ble det utstedt arrestordre på en rekke toppfigurer i Brorskapet, blant dem Badie. Han ble pågrepet, avhørt og deretter løslatt igjen før han gikk i dekning.
De militære har berammet rettssak 25. august for seks toppledere i Brorskapet, som er siktet for å ha oppmuntret til drap på demonstranter.
Innenriksdepartementet sier de har pågrepet over 1.000 «elementer» fra Brorskapet under uroen de siste dagene.
:quality(70)/s3.amazonaws.com/arc-authors/mentormedier/275cc56c-80f3-4d82-8bc0-0bff7d0dfef1.jpg)
:quality(70):focal(2412x1818:2422x1828)/cloudfront-eu-central-1.images.arcpublishing.com/mentormedier/EAA43BEJGBAFHFGV3KR5XG3IXQ.jpg)
:quality(70)/cloudfront-eu-central-1.images.arcpublishing.com/mentormedier/T5JAY6NSPZAS3DSESSV3JXTFSA.jpg)
:quality(70):focal(2417x2036:2427x2046)/cloudfront-eu-central-1.images.arcpublishing.com/mentormedier/JJEVMMA2QBHYDGQCWUDA3IYJMI.jpg)
:quality(70):focal(139x336:149x346)/cloudfront-eu-central-1.images.arcpublishing.com/mentormedier/4SN7RPOC3ZGARCLSVOTMZWFRYY.jpg)