Guantanamo-basen er blitt brukt som fengsel for personer som anses som en terrortrussel, av USA definert som «ulovlig stridende». Mange ble pågrepet i forbindelse med invasjonene av Afghanistan og Irak på begynnelsen av 2000-tallet, og har sittet innesperret på basen i årevis uten lov og dom.
Forholdene på Guantánamo Bay har ført til protester fra menneskerettighetsgrupper, og FN-eksperter har fordømt anlegget.