I sin daglige kveldstale torsdag sa Zelenskyj at det er sendt et forslag til nasjonalforsamlingen om å forby virksomheten til slike religiøse organisasjoner.
Han sa også at etterretningen bør trappe opp arbeidet med å avdekke og stanse russisk infiltrering i religiøse rom i Ukraina.
Ukraina har vært under den russisk-ortodokse kirken siden det 17. århundre, men i 2019 brøt deler av kirken med Moskva på grunn av den russiske annekteringen av Krim og støtten til separatistene i Donbas.
Og i mai i år brøt den Moskva-støttede fløyen av Ukrainas ortodokse kirke med Russland, i et historisk slag mot russisk åndelig ledelse.
Patriark Kirill, som er leder for den russisk-ortodokse kirken, skapte overskrifter da han i oktober sa at president Vladimir Putin var utpekt av Gud til å styre Russland.
[ Pinsepastor og sønn skal ha blitt torturert og drept i Ukraina ]