Det skjedde da sprinkleranlegget i kirkens andre etasje ble utløst rett etter klokka 7. Vannet har rent over en rekke verdifulle malerier og et spesielt skip som henger i taket av kirken.
– Dette er en katastrofe. Det er et helt spesielt bygg med spesielle verdier. Slikt som dette skal ikke skje, sier kirkebyggsjefen Arne Tveit til Bergens Tidende.
Ifølge NRK, som først meldte om saken, var det kirkeskipet som tok mest skade.
Tveit var på befaring i fredag morgen, og han tror ikke det skal være alvorlige skader på bygget.
– Brannvesenet klarte å redde unna de fleste maleriene. Vi tror skipet skal kunne reddes. Vi må sørge for å tørke det opp på riktig måte, sier Tveit.
Mariakirken var under oppussing i årevis. Den åpnet nyoppusset i 2015, etter å ha blitt rustet opp for 130 millioner kroner.
I alt 14 brannmenn har vært inne og jobbet for å stoppe vannet og tørke det opp så fort som mulig.
– Vi tror ikke det er gjort uopprettelig skade på kunsten, men det er for tidlig å si hvilke skader vannet har gjort, sier Tveit.
Mariakirken har en helt spesiell betydning i Bergen. Kirken er bygget en gang på 1100-tallet og er Bergens eldste bevarte bygning.