Det var to menn på 25 og 28 år som ble drept, ifølge det palestinske helsedepartementet.
De opplyser at seks personer ble såret i angrepet, og at for to av dem er tilstanden kritisk.
Den israelske hæren har sagt at de gjennomførte en militær operasjon i Nablus og bekreftet at det var skuddvekslinger mellom dem og væpnede personer i området.
Siden mars har minst 52 palestinere blitt drept, hvorav de fleste har mistet livet i kamper på Vestbredden.
I samme periode har 19 mennesker blitt drept, hovedsakelig i angrep fra palestinere. De fleste var israelske sivile i Israel, men også tre israelske arabere har blitt drept i kampene.