Den 36 år gamle presten døde på sykehus natt til torsdag, opplyser erkebispedømmet i Madrid i en pressemelding.
Fra før er det meldt om tre døde og ti andre skadde etter den kraftige eksplosjonen i La Latina-bydelen sentralt i byen onsdag.
Eksplosjonen ble forårsaket av en gasslekkasje, ifølge det spanske innenriksdepartementet. Bygningen som ble rammet, ble totalskadd.