Sjefaktor Khan ba allerede i mai domstolen om å utstede arrestordre på den israelske statsministeren, Israels tidligere forsvarsminister Yoav Gallant og Hamas-ledelsen.
Torsdag kom den offisielle arrestordren fra domstolen i Haag. Den gjelder både Netanyahu, Gallant og avdøde Hamas-leder al-Masri, melder Reuters.
Al-Masri, som også var kjent som Mohammed Deif, ble drept i et israelsk angrep tidligere i år.
Anklager om krigsforbrytelser
Arrestordren gjelder påståtte krigsforbrytelser. Det heter blant annet at det er skjellig grunn til å tro at Netanyahu og Gallant godkjente angrep mot sivile på Gazastripen.
Det framgår også anklager om at den israelske statsministeren og forsvarsministeren kan ha brukt sult som et våpen i krigen.
Store deler av Gazastripen er lagt i grus, 90 prosent av innbyggerne er internt fordrevet og FN har gjentatte ganger advart mot hungersnød fordi Israel ikke slipper inn nok nødhjelp.
Arrestordren fra ICC fremmer også påstander om drap, forfølgelse og andre inhumane gjerninger.
Israel raser
ICC sier i torsdagens uttalelse at det ikke er en forutsetning at Israel aksepterer domstolens jurisdiksjon. Israel har fra før forsøkt å få ICCs arrestordre på Netanyahu skrotet, men uten hell.
I sin tale til FN i september hevdet Netanyahu at ICC-aktorens oppfordring om at han burde arresteres var et eksempel på antisemittisme.
– Gitt den antisemittismen som råder i FN, bør det ikke overraske noen at aktor ved Den internasjonale straffedomstolen (ICC) vurderer å utstede arrestordre på meg og Israels forsvarsminister, sa Netanyahu den gang.
Torsdag kom det ny kraftig kritikk fra israelsk hold. Tidligere statsminister Naftali Bennett sier ICCs arrestordre er en skam, mens den israelske opposisjonslederen Yair Lapid omtaler den som en belønning til terrorister.
Skyhøye dødstall
Arrestordren fra ICC kommer samme dag som dødstallet på Gazastripen nådde over 44.000 drepte palestinere. I tillegg er over 104.000 palestinere såret i krigen. Tallene er samlet inn av Gazas helsedepartement, men anses som troverdige av FN og andre hjelpeorganisasjoner.
Oversikten over drepte og sårede omfatter ikke tusenvis av mennesker som er savnet, hvorav mange antas å ligge begravd i ruinene av bombede bygninger på Gazastripen. Heller ikke palestinere som er døde som følge av andre konsekvenser av krigen, som sykdom og mangel på mat og medisiner, er med i oversikten.
Krigen startet da Hamas og flere andre palestinske grupper gikk til angrep mot Sør-Israel 7. oktober i fjor. 1.206 mennesker ble drept, både israelere og utlendinger, hvorav de fleste var sivile. Om lag 250 mennesker ble samtidig tatt som gisler og bortført til Gaza. Om lag 100 av dem er fortsatt ikke kommet hjem.