Politiet sier mannen som ble skutt var en 26-åring fra en arabisk landsby sør i landet.
Myndighetene sier hendelsen i Jerusalems gamleby skjedde da politiet stoppet mannen for et avhør utenfor al-Aqsa-moskeen, islams tredje viktigste helligdom.
Videobilder som er delt i sosiale medier viser store politistyrker i gatene og smugene rundt moskeen etter skytingen. Det oppsto håndgemeng mellom politi og palestinske butikkeiere og troende som var ved moskeen for å be under fastemåneden ramadan.
Tidligere på dagen var over 200.000 palestinere samlet på moskéområdet til bønn midt på dagen. Det foregikk uten konflikten som ofte oppstår med israelsk politi.