Representasjonskontoret blir stengt på forespørsel fra den nicaraguanske regjeringen, melder Vatican News.
Det var i et intervju forrige uke at paven kalte landet et brutalt diktatur og sammenlignet med Hitler-Tyskland. I tillegg omtalte han landets mangeårige president Daniel Ortega som «ute av balanse».
Ortega har lenge hatt et anstrengt forhold til den katolske kirken, som han anklager for å støtte opposisjonen som han omtaler som terrorister.
En rekke prester ble pågrepet sist høst og anklaget for å undergrave regimet, blant dem også den regimekritiske biskopen Rolando Álvarez.
I februar deporterte Ortega-regimet en rekke prester, journalister, næringslivsledere og tidligere presidentkandidater, statsråder og diplomater. Álvarez nektet å gå om bord i flyet og ble deretter dømt til 26 års fengsel.
– Det er som et kommunistisk diktatur i 1917 eller Hitlers diktatur i 1935, sa pave Frans i intervjuet.
Pavens uttalelse var også en kommentar til at Nicaragua i forrige uke stengte to katolske universiteter etter å ha anklaget dem for lovbrudd.