Stormen som virvlet opp sand og støv begynte onsdag kveld. Helsemyndighetene oppfordrer astmapasienter og andre til å holde seg innendørs.
I Bagdad er det registrert at 2.000 har fått pusteproblemer, og én person har mistet livet, sier helsedepartementets talsmann Saif al-Badr, ifølge det statlige nyhetsbyrået INA. Han sier at det i hele landet er registrert over 5.000 tilfeller av pusteproblemer.
– Alle sykehus, helseinstitusjoner og kriseetater har økt beredskapen, sier han.
Sandstormen har rammet fem provinser, blant dem Anbar i vest. Provinsens talsmann Anis Qais sier oppfordringer om at folk med luftveisplager må oppsøke helsesentre, er spredt via moskeer og sosial medier.
Sandstormer er vanlige i Irak, men eksperter mener at klimaendringene kan gjøre at de inntreffer oftere, melder BBC.