Den kurdiskkontrollerte Roj-leiren har de siste årene blitt brukt til å internere kvinner som er mistenkt for koblinger til IS, samt barna deres.
Tysk påtalemyndighet opplyser torsdag at fire kvinner ble pågrepet da de ankom flyplassen i Frankfurt, hvorav tre er tyske statsborgere og en er tysk-marokkansk.
Utenriksminister Annalena Baerbock beskriver operasjonen som svært vanskelig.
– De 27 barna er når alt kommer til alt, ofre for IS, og de har rett til en bedre framtid langt vekk fra den dødelige ideologien, og også til å leve i trygghet, slik vi ønsker for våre egne barn. Mødrene må bli stilt til ansvar for sine handlinger, sier Baerbock i en uttalelse.
Hun takker kurdiske myndigheter i Syria og «våre amerikanske partnere» for å ha gitt logistisk støtte til operasjonen.
I oktober hentet Tyskland hjem 23 barn og åtte kvinner fra Roj-leiren. Samtidig hentet Danmark hjem 14 barn og tre kvinner.
Ifølge Baerbock er de fleste tyske barna med mødre som ønsker å returnere til Tyskland, brakt i trygghet. Kun et lite antall saker gjenstår, og i disse forsøker man å finne individuelle løsninger, ifølge utenriksministeren.