Arbeidet i regionene Amhara, Gambella og Somali, i tillegg vest og nord for Tigray-regionen, blir stanset med umiddelbar virkning.
– På kort varsel har pasienter blitt utskrevet fra våre klinikker, noe som gir folk i disse områdene en svært begrenset tilgang til helsehjelp, sier organisasjonen i en uttalelse.
Alt internasjonalt personell har forlatt landet, mens et etiopisk team på om lag 1.000 personer er i beredskap hjemme, opplyses det.
Nyheten kommer en måned etter at Etiopia beordret en tre måneder lang suspendering av arbeidet til tre internasjonale organisasjoner som yter bistand i den krigsherjede regionen Tigray.
Regjeringen anklager blant andre Leger Uten Grenser i Nederland, Flyktninghjelpen og Al Maktoum-stiftelsen for å ansette folk uten de nødvendige arbeidstillatelsene.
Leger Uten Grenser og Flyktninghjelpen beskyldes i tillegg for å spre desinformasjon i sosiale medier, mens Leger Uten Grenser også anklages for å bruke en ulovlig importert satellittelefon, opplyste den etiopiske regjeringen onsdag.
