Høykommissær António Guterres sier han fredag har fått forsikringer fra den makedonske utenriksministeren Nikola Poposki om at grensa ikke skal stenges igjen.
Regjeringen i Skopje må etablere en moderat grensekontroll straks, krever FN.
UNHCR ber også myndighetene i Hellas om umiddelbart å hjelpe «menneskene som er strandet på den greske siden av grensa» og flytte dem til flyktningmottak lenger unna Makedonia.
Over 3.000 mennesker, de fleste av dem syriske flyktninger, er strandet i det som beskrives som et ingenmannsland på grensa mellom Hellas og Makedonia, ifølge AFP.