I en tale tidligere denne uken langet Khamenei ut mot USA og hevdet at amerikanerne ønsker å tvinge Iran i kne.
– At Iran nå har gått med på en atomavtale, innebærer ikke at vi kommer til å stanse støtten til regimene i Syria og Irak, eller til undertrykte folk i Jemen, Bahrain og palestinerne, sa Khamenei.
LES OGSÅ: Sju av ti israelere kritiske til Iran-avtale
Han slo videre fast at Irans politikk overfor landene i Midtøsten er i direkte kontrast til USAs politikk.
– Jeg vet ikke hvordan jeg skal tolke det på dette tidspunktet, utenom å tolke det slik det fremstår, sier utenriksminister Kerry i et intervju med den saudiarabisk-eide TV-kanalen Al Arabiya tirsdag.
– Hvis det er hans politikk, så er det svært urovekkende, sier Kerry.
LES OGSÅ: Kerry hardt ut mot Netanyahu
Atomavtalen mellom Iran og seks internasjonale stormakter gir internasjonalt innsyn i det iranske atomprogrammet i bytte mot opphevelse av økonomiske sanksjoner. Avtalen ble landet tirsdag sist uke.