Islamistgruppa anklager organisasjonene for å ha bedrevet misjonsvirksomhet med et kristent budskap i Somalia.
Organisasjonene World Vision, Adventist Development and Relief Agency (ADRA) og Diakonia er de organisasjonene som nå er utestengt fra landet på Afrikas horn.
– De har misjonert under påskudd av å drive humanitært arbeid, og spredt sine korrupte budskap for å forsøke å forlede somaliske muslimer, heter det i uttalelsen fra al-Shabaab.
Islamistgruppa, som kontrollerer mesteparten av det sørlige og sentrale Somalia i samarbeid med en annen gruppe, Hizbul Islam, advarte også mot at andre hjelpeorganisasjoner som sprer kristen tro vil bli utestengt.
World Visions hovedkontor i Nairobi sier til Reuters at deres interne retningslinjer forbyr organisasjonens medlemmer å bedrive religiøs omvending.
Tidligere i år beordret al-Shabaab at FNs matvareprograms delegasjon i landet måtte stoppe sin aktivitet og forlate det krigsherjede landet.
Somalia har 1,5 millioner interne flyktninger, og 21.000 mennesker har blitt drept i konflikten mellom al-Shabaab, Hizbul Islam og regjeringshæren, som støttes av soldater fra Den afrikanske union.