Mange kristne har reist fra Israel og de palestinske områdene som følge av konflikten i regionen. Paven kalte det en tragisk realitet, og oppfordret unge kristne til å bli.
Selv om det er forståelig at mange, spesielt de unge, emigrerer, er det synd fordi det svekker regionen kulturelt og åndelig, sa han.
LES OGSÅ: Vil stanse kristenflukt
Paven ble hilst av tusenvis av mennesker da han ankom den historiske olivenlunden i sin «pavemobil».
Når jeg står foran dere i dag, vil jeg uttrykke min forståelse for vanskelighetene, frustrasjonene og smerten dere lider under sa han, og refererte til den arabisk-israelske konflikten.
Det skulle ikke være plass til smålighet, diskriminering, vold eller urettferdighet her. De som tror på Guds barmhjertighet, enten de identifiserer seg som jøder, kristne eller muslimer, skulle være de første til å fremme forsoning og fred, sa paven.
Messen, som ble holdt like nedenfor Getsemane-hagen der Jesus skal ha tilbrakt kvelden før korsfestelsen, er den første paven holdt siden han startet sitt femdagers besøk i Midtøsten mandag.
LES OGSÅ: Israel håper å tjene på paven
Hellige steder. Paven ba også om fred da han besøkte noen av jødedommens og islams helligste og mest omstridte historiske steder i Jerusalem på sin andre dag i Israel.
Send fred til dette hellige land, til Midtøsten og til hele den menneskelige familie, sto det i ifølge Vatikanet i en bønn som paven stakk inn i Klagemuren tirsdag. Det er en jødisk tradisjon å legge igjen bønner ved muren, som jødene kaller Vestmuren og som er en del av Tempelhøyden, der det for 2.000 år siden sto et jødisk tempel.
På denne høyden, som muslimene kaller Haram al Sharif, står Klippedomen, som med sin gylne kuppel er et landemerke i byen. Paven tok av seg skoene før han gikk inn, som den første pave som noensinne har satt sine føtter her. Han fikk en omvisning av stormuftien selv, Mohammed Hussein.
Høyden er hellig for alle de tre store monoteistiske religionene: jødedommen, islam og kristendommen.
Alle de tre anerkjenner dette som stedet der Abraham forberedte ofringen av sin sønn. Men der stanser også enigheten. Kampen om «retten» til dette området har vært et avgjørende stridens eple i konflikten mellom israelere og palestinere. Begge grupper ønsker byen som sin hovedstad.
LES OGSÅ: Bakkevig delte sin fredsdrøm med paven
Vanskelig besøk. Pavens fem dager lange besøk til Israel og Vestbredden er blitt omtalt som en umulig balansekunst. Følsomme temaer står i kø, og allerede på Benedikts første dag i Jerusalem kom stridighetene til overflaten. Mye dreier seg om Vatikanets og pavens personlige historie i forbindelse med andre verdenskrig.
En del jøder er skuffet fordi de mener paven ikke gikk langt nok i å unnskylde seg for tilknytningen de mener han personlig og Vatikanstaten har hatt til antisemittisme og Nazi-Tyskland. Som den unge Josef Ratzinger var paven selv med i Hitlerjugend, selv om han sier dette ikke var frivillig.
Presidenten i Israels nasjonalforsamling Knesset, Reuven Rivlin, refset paven etter at han hadde besøkt holocaustminnesmerket Yad Vashem mandag.
Vi kan ikke ignorere byrden han bærer, som en ung tysker som var med i Hitlerjugend, og en person som var med i Hitlers hær, som var et instrument i utryddelsene, sa Rivlin.
