Ved mange skoler foregikk undervisningen i midlertidige klasserom i telt eller bambushytter, fordi mange skolebygg fortsatt ligger i ruiner.
Mange av elevene gråt da foreldrene måtte forlate dem for første gang på flere uker.
– Det kommer fortsatt etterskjelv, og det er vanskelig å ikke være bekymret over å sende barna til skolen igjen. Men lærerne har forsikret oss om at det er trygt her, sier Mina Shrestha som fulgte sin sønn til skolen søndag.
LES OGSÅ: FN: Verden har sviktet Nepal etter skjelvene
Rolig start
Skolene hadde lagt opp til en myk start med mye lek for de yngste elevene, mens de eldre ble oppfordret til å diskutere jordskjelvet og dele sine opplevelser.
– Vi har vært hjemme så lenge nå, at det er fint å leke her og møte vennene mine igjen, sier ni år gamle Muskan Bajracharya.
I begynnelsen vil barna bruke mest tid på å leke og være med lærerne, før studiene begynner på igjen om to ukers tid.
Hari Lamsal, en tjenestemann i utdanningsdepartementet, sier gjenåpningen av skolene er viktig for å vise at livet går tilbake til normalen.
14.000 tilbake
Mer enn 32.000 klasserom ble fullstendig ødelagt i jordskjelvet 25. april. Skolene skulle etter planen åpne i midten av mai, men første skoledag ble utsatt på grunn av det andre, store skjelvet den 12. mai.
Flere skoler var fortsatt ikke klare til å ta imot elever søndag, men myndighetene og nødhjelpsorganisasjoner har bygd ferdig 137 midlertidige læresentre for 14.000 barn.
– Utdanning kan ikke vente på bedring og gjenoppbygging, sier Tomoo Hozumi som representerer FNs barnefond UNICEF i Nepal.
LES OGSÅ: Nytt kraftig jordskjelv i Nepal
Trenger mer støtte
Etter de to skjelvene har opp mot én million barn ikke gått på skolen, og det vil ta lang tid før alle er tilbake på skolebenken.
– Vårt mål er at det skal skje innen de neste to-tre månedene, men det avhenger av hvor mye penger vi kan skaffe og om vi får tak i barnene igjen, sier generalsekretær Steen M. Andersen i UNICEF Danmark til nyhetsbyrået Ritzau.
Ifølge nødhjelpsarbeidere må 4.500 utdanningssentre bygges for at alle barnene skal få komme tilbake til skolen.